Jednostka została utworzona 1 października 1965 roku z inicjatywy neuropsychologa prof. Mariusza Maruszewskiego i była pierwszą jednostką w Polsce zajmującą się nauczaniem psychologii na uczelni medycznej. W roku 2010 obchodziliśmy 45-lecia istnienia (artykuł pdf). W roku 2015 przypadło 50-lecie Zakładu (artykuł pdf) (wywiad z prof. K. Owczarkiem). W roku 2020 obchodziliśmy 55-lecie istnienia naszej jednostki. Początkowa nazwa to Zakład Psychologii Klinicznej. W ramach aktywności dydaktycznej pracownicy Zakładu podejmowali starania w kierunku zintegrowania i ujednolicenia programów nauczania psychologii na krajowych uczelniach medycznych. Efektem tego było zorganizowanie w Warszawie w 1976 roku pierwszej ogólnopolskiej konferencji poświęconej opracowaniu spójnych założeń programowych. Stopniowo działalność naukowa i dydaktyczna Zakładu coraz bardziej wskazywały na specyfikę działań Zakładu odrębną od standardowych działań psychologów klinicznych. Nowe obszary badawcze dotyczyły głównie psychologicznych aspektów funkcjonowania chorych somatycznie np. poziomu lęku, postawy wobec choroby i leczenia, wzoru zachowania A, wsparcia społecznego czy radzenia sobie ze stresem w przebiegu chorób somatycznych. Konsekwencją tego była zmiana nazwy Zakładu.
W roku 1992 dokonano zmiany nazwy na Zakład Psychologii Medycznej. Dalszy rozwój obejmował badania czynników poznawczych i emocjonalnych dotyczących zdrowia i choroby zarówno na poziomie jednostki, jak i grup i systemów ochrony zdrowia. Przykładem takich badań o nowatorskim charakterze były, podjęte przez prof. Irenę Heszen i kontynuowane w późniejszym okresie, prace empiryczne dotyczące wpływu relacji lekarz – pacjent na proces diagnozowania i leczenia chorych. Na gruncie dydaktycznym, Zakład rozpoczął nauczanie w zakresie relacji lekarz-pacjent i komunikacji medycznej. Przykładem zastosowania nowatorskich metod dydaktycznych były zajęcia „przy łóżku chorego” prowadzone dla studentów III roku wydziałów lekarskich na oddziałach warszawskich szpitali już w latach 90-tych ubiegłego wieku. Zmiany o charakterze organizacyjno-prawnym sprawiły, że zajęcia w takiej formie nie mogły być dalej realizowane i zostały zastąpione zajęciami z wykorzystaniem ogrywania ról (role-playing). Tematyka komunikacji lekarz-pacjent była jednym z kluczowych wątków polsko-norweskiego projektu PRACTA zrealizowanego przez Zakład we współpracy z Norweskim Uniwersytetem Nauki i Techniki w Trondheim.
Tak znaczne poszerzenie działalności dydaktycznej i badawczej w zakresie komunikacji medycznej było podstawą do zmiany nazwy Zakładu na Zakład Psychologii i Komunikacji Medycznej, która formalnie dokonana została 12 lutego 2018. Zakład wielokrotnie zmieniał swoją siedzibę. Początkowo mieścił się w niewielkim pomieszczeniu przy ul. Lindley’a. Później został przeniesiony do 4-pokojowego lokum przy ul. Oczki. Pod koniec lat 70-tych ubiegłego wieku uzyskał nową, choć jak zapewniano „tymczasową - na 5 lat”, siedzibę w baraku przy ul. Trojdena 2. W konsekwencji mieścił się tam ponad 40 lat i dopiero ze względu na budowę Centrum Rehabilitacyjno-Sportowego WUM, przeniesiono go do budynku przy ul. Żwirki i Wigury 81a, gdzie mieścił się przez blisko pięć lat. W roku 2016 siedziba Zakładu na krótko została przeniesiona do budynku przy ul. Żwirki i Wigury 81, a z początkiem roku 2019 otrzymał on obecną lokalizację. Wśród osób kierujących jednostką, obok wspomnianego już prof. Mariusza Maruszewskiego, byli wybitni polscy psychologowie: Profesor Irena Heszen, Profesor Kazimierz Wrześniewski oraz lekarz specjalista psychiatrii Profesor Krzysztof Czubalski. Obok sylwetki byłych kierowników Zakładu.